Для устранения двойного налогообложения протокол определяет порядок взимания косвенных налогов при выполнении работ и оказании услуг на территориях России и Беларуси.
В соответствии с протоколом, взимание НДС при выполнении работ, оказании услуг осуществляется в том государстве, территория которого признается местом реализации работ, услуг.
Согласно протоколу с мая 2008 года реализация работ (услуг) по ремонту (модернизации, переоборудованию) транспортных средств (включая части транспортных средств), ввезенных с территории Российской Федерации на территорию Беларуси не облагается НДС.
Кроме того, протокол определяет такие термины, как "недвижимое имущество", "движимое имущество", "транспортное средство", "инжиниринговые услуги" и "услуги по обработке информации".
С вступлением протокола в силу применяется единый механизм налогообложения как по договорам купли-продажи товаров, товаров, ввозимых на территорию РФ из Беларуси, так и по договорам на выполнение работ или оказание услуг.
До вступления в силу этого протокола действовали нормы национального законодательства государств-сторон и взимание НДС, определение места реализации работ (услуг) в отношениях между хозяйствующими субъектами РФ и Беларуси осуществлялось в соответствии с положениями национальных законодательств государств-сторон, что приводило в ряде случаев к двойному налогообложению.
Протокол, который является частью межправсоглашения о порядке взимания косвенных налогов во взаимной торговле, подписан в Минске в марте 2007 года и ратифицирован в Беларуси в июне 2007 года, в России - в апреле 2008 года.
Протокол применяется в отношении работ (услуг), выполненных (оказанных) c 1 мая 2008 года.
С 1 января 2005 года НДС во взаимной торговле товарами между Беларусью и Россией взимается в стране назначения. При взаимном экспорте НДС не взимается. В условиях отсутствия таможенных границ уплату НДС импортером и, соответственно, право экспортера на нулевую ставку этого налога, подтверждают налоговые органы двух стран.